Laboratorium Mikrobiologi Farmasi FMIPA UII merupakan laboratorium yang didesain khusus untuk praktikum dan penelitian yang berhubungan dengan mikroorganisme seperti bakteri. Kegiatan praktium dan penelitian yang dapat dilakukan di Laboratorium Mikrobiologi Farmasi FMIPA UII antara lain uji aktivitas antibakteri, uji jumlah cemaran bakteri (ALT dan AKK), analisis bakteri pathogen. Ruangan Laboratorium di bagi menjadi beberapa bagian yaitu white area, grey area dan black area. Selain praktikum dan penelitian di Laboratorium Mikrobiologi juga menerima pengujian seperti jumlah cemaran mikroba (ALT) dan uji aktivitas antibakteri. Berbagai alat yang terdapat di Laboratorium Mikrobiologi Farmasi FMIPA UII antara lain LAF, Elisa, PCR, Scan 500, Gravimetric Dilutor (Diluflow), Incubator, Oven, Autoclave dan Mikropipet dengan berbagai ukuran.