Jalur Beasiswa adalah pola seleksi yang dilakukan melalui penilaian rekam jejak prestasi (nilai rapor dan prestasi penunjang). Nilai rapor yang digunakan adalah nilai rapor semester 1, 2, 3, 4, dan 5 pada mata pelajaran sesuai Tabel Pemetaan Mata Pelajaran.
Jalur beasiswa hanya dapat diikuti oleh peserta seleksi lulusan tahun 2025 (hanya bagi yang melakukan pengabdian di Pondok Pesantren) dan lulusan tahun 2026. Terdapat 4 jenis beasiswa, yaitu Beasiswa Santri, Afirmasi, Hafizah Hafiz, dan Atlet & Juara Seni. Pilihan Program Studi Kedokteran ditawarkan pada pola seleksi Beasiswa Afirmasi & Beasiswa Hafizah Hafiz.