Profil lulusan PSFPM UII dirumuskan dengan mempertimbangkan beberapa hal seperti masukan dari pemangku kepentingan, nilai dasar universitas yang telah ditetapkan dalam Statuta Universitas Islam Indonesia, SNPT untuk pendidikan jenjang magister yang sudah ditetapkan Pemerintah, serta visi dan misi PSFPM UII yang telah ditetapkan berdasarkan hasil lokakarya internal di jurusan Farmasi UII, beserta hasil analisis evaluasi diri (analisa SWOT) yang telah dilakukan. Berdasarkan pertimbangan-pertimbangan tersebut, maka ditetapkan pernyataan tentang profil lulusan PSFPM UII sebagai berikut:

P     : Practitioner
R     : Researcher and Life Long Learner
I      : Islamic Behaviour and International Orientation
M    : Manager and Entrepreneur
E     : Educator and Effective Communicator